Os efeitos à saúde causados pelo fumo do tabaco são largamente conhecidos e se aplicam também ao uso do narguilé, contrariando a crença popular de que a água ajudaria a filtrar as impurezas do fumo, tornando-o menos nocivo à saúde. Recentes estudos, inclusive, indicam que seu uso pode ser ainda pior para a saúde do que o cigarro.

Além do mais, a Organização Mundial de Saúde alerta que a fumaça do narguilé contém inúmeras toxinas que podem causar câncer de pulmão, doenças cardíacas entre outras. E que, em uma sessão de narguilé – que pode durar de vinte minutos a uma hora – a quantidade de fumaça inalada corresponde a mesma inalada ao se fumar 100 cigarros comuns.

A Academia Estadunidense de Periodontologia afirma que o uso do narguilé é comparável ao cigarro, em relação aos riscos de doenças da gengiva.

George Loffredo, professor da universidade de Georgetown que conduziu estudo sobre o uso do narguilé no Egito acredita que, comparado ao fumante típico de cigarros, o fumante de narguilé expõe-se mais a toxinas como nicotina e monóxido de carbono.

Contrapondo estes estudos, Kamal Chaouachi, pesquisador em socio-antropologia e tabacologia, entende que, embora o narguilé tenha efeitos nocivos à saúde, é possível que eles sejam menores que os do cigarro (por exemplo, em relação ao câncer de pulmão). Ele tece ainda severas críticas aos principais estudos sobre o narguilé (inclusive à nota da Organização Mundial de Saúde citada acima). Segundo ele, a maioria deles têm problemas metodológicos (como não distinguir entre usuários exclusivos e os que são fumantes ou ex-fumantes de cigarros) e ignoram os resultados de importantes estudos sociológicos, etnológicos e antropológicos sobre o assunto.